本游戏的主要核心内容为音乐节奏游戏，包含系列首次发表的乐曲在内，可替这10年间的历史增添光彩的名曲共有100首，再加上专为本作品而写的主题曲，总计可玩到101首乐曲。
不只有一般的音乐节奏游戏玩法，还追加了Nintendo Switch才能提供的新游戏模式。所有收录乐曲均可使用2种操作方法来游玩。另外，收录模组总共超过300种以上，而且PV将以动画风格的笔触重新加工，因此在视觉上亦可感受到全新的可爱感与帅气感。
『初音未来 Project DIVA MEGA39’s』将以全新游玩方式结合全新呈现方式，同时又能体验到超越以往游戏规格的内容以及超大游戏份量。
[HARD]难度解锁方法：[NORMAL]难度通关解锁
[EXTREME]&[EXTRA EXTREME]难度解锁方法：[HARD]难度通关解锁，一部分歌曲才有[EXTRA EXTREME]难度
| 曲名 | 出典・出現条件 |
| 愛言葉 | 初音ミク Project DIVA 2nd |
| アカツキアライヴァル | 初音ミク Project DIVA F 2nd |
| ACUTE | 初音ミク Project DIVA f |
| アゲアゲアゲイン | 初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone |
| アマツキツネ | 初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone |
|
ありふれたせ かいせいふく |
初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone |
|
アンハッピーリ フレイン |
初音ミク Project DIVA f |
| 1925 | 初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone |
| erase or zero | 初音ミク Project DIVA F 2nd |
| インタビュア | 初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone |
| Weekender Girl | 初音ミク Project DIVA f |
| 裏表ラバーズ | 初音ミク Project DIVA extend |
| エイリアンエイリアン | 新規収録 |
| LOL -lots of laugh- | 初音ミク Project DIVA X |
|
えれくとりっく・ えんじぇぅ |
初音ミク Project DIVA |
|
エンヴィキ ャットウォーク |
初音ミク Project DIVA F 2nd |
| 大江戸ジュリアナイト | 新規収録 |
| ODDS&ENDS | 初音ミク Project DIVA f |
| on the rocks | 初音ミク Project DIVA Arcade |
| 骸骨楽団とリリア | 初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone |
| からくりピエロ | 初音ミク Project DIVA F 2nd |
| カラフル×メロディ | 初音ミク Project DIVA 2nd |
| カンタレラ | 初音ミク Project DIVA 2nd |
| 君の体温 | 初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone |
| Catch the Wave | 新規収録 |
| キャットフード | 初音ミク Project DIVA f |
| Glory 3usi9 | 初音ミク Project DIVA F 2nd |
| ゴーストルール | 初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone |
|
こちら、 幸福安心委員会です。 |
初音ミク Project DIVA F 2nd |
| サイハテ | 初音ミク Project DIVAエディット専用楽曲 |
| soundless voice | 初音ミク Project DIVA F 2nd |
| 桜ノ雨 | 初音ミク Project DIVA |
| Sadistic.Music∞Factory | 初音ミク Project DIVA f |
| 初音ミク Project DIVA fボス曲 | |
| 39 | 初音ミク Project DIVA Arcade |
| 39みゅーじっく！ | 新規収録 |
| サンドリヨン | 初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone |
| shake it！ | 初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone |
| ジェミニ | 初音ミク Project DIVA 2nd |
| ジグソーパズル | 新規収録 |
| ジターバグ | 新規収録 |
| Just Be Friends | 初音ミク Project DIVA 2nd |
| 白い雪のプリンセスは | 初音ミク Project DIVA Arcade |
| 深海少女 | 初音ミク Project DIVA Arcade |
| スイートマジック | 初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone |
| Sweet Devil | 初音ミク Project DIVA F |
| スキキライ | 初音ミク Project DIVA F 2nd |
| 砂の惑星 feat.初音ミク | 初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone |
| スノーマン | 初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone |
|
SPiCa -39’ s Giving Day Edition- |
初音ミク Project DIVA extend |
| 千本桜 -F edition- | 初音ミク Project DIVA F |
| DYE | 初音ミク Project DIVA f |
| タイムマシン | 初音ミク Project DIVA f |
| 番凩 | 初音ミク Project DIVA extend |
| テオ | 新規収録 |
| DECORATOR | 初音ミク Project DIVA F 2nd |
| Tell Your World | 初音ミク Project DIVA F |
| テレカクシ思春期 | 初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone |
| 天樂 | 初音ミク Project DIVA f |
| 東京テディベア | 初音ミク Project DIVA f |
| どりーみんチュチュ | 新規収録 |
|
トリコロール・エア ・ライン |
初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone |
| トリノコシティ | 初音ミク Project DIVA f |
| なりすましゲンガー | 初音ミク Project DIVA F 2nd |
|
二次元ドリームフ ィーバー |
初音ミク Project DIVA F 2nd |
| 初音ミク Project DIVA F 2ndボス曲 | |
|
ネトゲ廃人シュプレ ヒコール |
初音ミク Project DIVA f |
|
Nostalogic (MEIKO-SAN mix) |
初音ミク Project DIVA f |
| ハジメテノオト | 初音ミク Project DIVA 2nd |
| はじめまして地球人さん | 初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone |
| 初音ミクの激唱 | 初音ミク Project DIVA 2nd |
| 初音ミク Project DIVA 2nd / extend /F 2ndボス曲 | |
| 初音ミクの消失 | 初音ミク Project DIVA |
| 初音ミク Project DIVAボス曲 | |
| Palette | 初音ミク Project DIVA extend |
|
*ハロー、プラネット。 (I.M.PLSE-EDIT) |
初音ミク Project DIVA extend |
| Hello, Worker | 初音ミク Project DIVA F 2nd |
| Hand in Hand | 初音ミク Project DIVA X DLC専用楽曲 |
|
ピアノ×フォルテ× スキャンダル |
初音ミク Project DIVA F 2nd ライブモード楽曲 |
| ヒバナ | 新規収録 |
| ヒビカセ | 初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone |
| 秘密警察 | 初音ミク Project DIVA f |
| Fire◎Flower | 初音ミク Project DIVA f |
| ブラックゴールド | 初音ミク Project DIVA Arcade |
| Blackjack | 初音ミク Project DIVA F 2nd |
|
ブラック★ ロックシューター |
初音ミク Project DIVA f |
| FREELY TOMORROW | 初音ミク Project DIVA Future Tone |
| from Y to Y | 初音ミク Project DIVA 2nd |
| ぽっぴっぽー | 初音ミク Project DIVA 2nd |
| magnet | 初音ミク Project DIVA 2nd |
|
みくみくにしてあげる♪ 【してやんよ】 |
初音ミク Project DIVA |
| ミラクルペイント | 初音ミク Project DIVA |
| メテオ | 初音ミク Project DIVA F 2nd |
| メランコリック | 初音ミク Project DIVA f |
| メルト | 初音ミク Project DIVA |
| モノクロ∞ブルースカイ | 初音ミク Project DIVA f |
| 指切り | 初音ミク Project DIVA F 2nd |
| リモコン | 初音ミク Project DIVA f |
|
ルカルカ★ ナイトフィーバー |
初音ミク Project DIVA extend |
| ローリンガール | 初音ミク Project DIVA extend |
| ロキ | 新規収録 |
| 1/6 -out of the gravity- | 初音ミク Project DIVA f ライブモード楽曲 |
| ロミオとシンデレラ | 初音ミク Project DIVA 2nd |
|
ワールズエンド・ ダンスホール -Live Dance Edition- |
初音ミク Project DIVA Arcade |
| ワールドイズマイン | 初音ミク Project DIVA |
| 結んで開いて羅刹と骸 | 追加楽曲パック 1st購入（2020年2月13日配信） |
| 初音ミク Project DIVA F 2nd | |
| エレクトロサチュレイタ | 追加楽曲パック 1st購入（2020年2月13日配信） |
| 初音ミク Project DIVA Arcade Future Tone | |
| 炉心融解 | 追加楽曲パック 1st購入（2020年2月13日配信） |
| 初音ミク Project DIVA 2nd | |
| ダブルラリアット | 追加楽曲パック 1st購入（2020年2月13日配信） |
| 初音ミク Project DIVAエディット専用楽曲 | |
| ハイハハイニ | 追加楽曲パック 1st購入（2020年2月13日配信） |
| 初音ミク Project DIVA f | |
| 壊セ壊セ | 追加楽曲パック 1st購入（2020年2月13日配信） |
| 初音ミク Project DIVA F 2nd |
