斯坦因之门 故事开始于2010年7月28日，“未来道具研究所”社团的两人，冈部伦太郎和椎名真由里去秋叶原广播会馆参加中钵博士的时间旅行理论发表会，见到了年仅18岁就在科学杂志上发表学术论文的天才少女牧濑红莉栖。发表会结束不久后，在会馆8楼深处，冈部发现了倒在血泊中的红莉栖。惊慌失措的他带着真由里立刻离开会馆，给社团另一成员桥田至发送了一条电子邮件告知这一事件。然而发送后的瞬间，他突然发现街道人群消失，而广播会馆及周围早已因不明人造卫星坠落缘故被封锁了，没有人记得他所经历的事件。