送神火山和凯那市码头的激战！
从茵郁市通过120号道路（途中可以捡到
电珠）到达121号道路，在狩猎区外看到火岩队（水舰队）队员正在向送神火山进发追上去，平台上有个乔伊小姐可以回复体力
进入送神火山内部，和原作不同的是，要到达3层才可以到送神火山外部
内部最顶层能够捡到
TM30 阴影球 和 恰雷姆Mega石送神火山外部可以捡到
TM61 鬼火，以及 诅咒娃娃Mega石在送神火山外部战胜一群火岩队（水舰队）队员后，看到赤焰松（水梧桐）在观察两颗宝珠后走向了红色宝珠（蓝色宝珠），然后注意到了主角
他告知主角没时间陪主角玩，下一站是凯那市后就离开了，留下了篝火（海潮） 和主角触发战斗
| 火岩队干事 篝火 | |
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喷火驼 lv38 |
| 水舰队干事 海潮 | |
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巨牙鲨 lv38 |
战胜后篝火离开了
两个守护宝玉的老人说大事不好，然后让主角将蓝色宝珠（红色宝珠）带走，请求主角追上赤焰松（水梧桐）并将红色宝珠（蓝色宝珠）夺回
飞到凯那市，看到PC右上方的码头门口，船长刚接受完采访，和主角寒暄几句后突然听到有人广播说“潜水艇他收下了”
进入码头发现赤焰松（水梧桐）和火村（泉美）夺走了潜水艇，他们留下了两个火岩队队员后离开，触发战斗
（连续单打）
| 火岩队队员 男 | 火岩队队员 女 | ||
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大狼犬 lv36 |
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呆火驼 lv34 |
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大嘴蝠 lv34 | ||
（连续单打）
| 水舰队队员 男 | 水舰队队员 女 | ||
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大狼犬 lv36 |
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利牙鱼 lv34 |
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大嘴蝠 lv34 | ||
战胜后他们离开了，船长请求主角帮忙夺回潜水艇，答应后船长便带着主角来到水静市的码头
水静市和CP的告别！探寻火岩队（水舰队）的秘密基地！
在水静市遇到了CP，她介绍了百货大楼，然后触发对战
| CP | |
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大王燕 lv37 |
   |
斗笠菇/熔岩蜗牛/吼鲸王 除去克制主角属性的另外两只 lv37 |
   |
克制主角的御三家三段 lv39 |
胜利后CP说她打算回未白镇了，图鉴收集的差不多所以想给博士看看，然后主角背包里的陨石又发出光芒并发生变化了，就此告别
水静市海边的屋子里可以获得
TM44 睡觉，上方的一个屋子里可以忘记技能接着来到水静市右上方的火岩队（水舰队）基地
机关没有什么难度，基地内有床可以回复体力，还可以捡到
TM97 恶之波动 以及 
大师球打过前期的小兵后来到潜水艇所在地，此时被5个小兵挡住，展开5打1
| 火岩队/水舰队队员*5 | |
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土狼犬*5 lv18 |
胜利后他们离开让出了路
接近潜水艇看到篝火，触发战斗
| 火岩队干事 篝火 | |
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喷火驼 lv39 |
| 水舰队干事 海潮 | |
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巨牙鲨 lv39 |
胜利后发现潜水艇趁机离开了，篝火（海潮）告诉主角想追潜水艇的话就去找海底洞窟吧
走出基地发现原本挡路的吼吼鲸不见了，可以准备出海了！
绿岭道馆冥想的战斗！危机来临！
进入124号水道，开始正式的海上征程！
路上的屋子里可以用碎片换 进化石（屋子外的女生说如果用巨牙鲨冲浪可能会有不同的体验）
红色碎片→火之石
蓝色碎片→水之石
黄色碎片→雷之石
绿色碎片→叶之石
经过一小段海路就到达下一个城市——绿岭市（トクサネシティ Mossdeep City）
马上去挑战道馆吧！
道馆的机关和原先类似，但是效果做的比以前更有超能系的感觉，相比难度变小
打过几个训练师后就来到枫和楠的面前
| 枫与南 フウとラン Tate and Liza （双打） | ||
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月石 LV45 | 技能：光之壁+精神干扰+催眠术+冥想 |
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太阳岩 LV45 | 技能：放晴+岩崩+精神干扰+阳光烈焰 |
战胜后获得 心灵徽章 以及
TM04 冥想走出道馆后突然发生了地震以及震耳的爆炸声，然后看到海上向天空射出了一道笔直的绿色光线
围观的人们说是128号水道的方向，引起一阵恐慌
然后画面转到了射出光线的地方（用于提示主角）
大吾找到主角说有话要谈，带主角去他自己的家里
大吾的话：（大致翻译）
让我们先理解一下我们的世界现在正在发生什么
刚才的地震和爆炸声说明深海底下很久远的封印现在被解除了
从古代被封印在128号水道深海的超古代PM 一直在海底洞窟沉睡
海底洞窟的入口被某只PM的力量所封印，以防任何人类或者PM闯入
但现在看来 诡计多端且可怕的火岩队（水舰队）解除了封印
毫无疑问他们企图复活超古代PM
一旦他们成功，看起来他们是想要自私地利用其力量
主角，如果火岩队（水舰队）得到了超古代PM的力量，世界自然的平衡就会被破坏
一个前所未有的危机将会降临到这个星球上的所有生物
我决定尽我所能平息这场风波，这是我的责任
但是我一个人的力量有限
所以我希望你能够协助我，我对你的能力有信心
借给我你的力量去阻止火岩队（水舰队）疯狂的野心吧！
如果我们的PM齐心协力，我们一定能克服这个惨重的时刻
我不认为这是不可能的
我将用这个委托你
大吾赠送给了玩家
HM07 潜水 和 潜水镜
